觉得自己被背叛的楚铭在一个傍晚，租了一辆桑塔纳，开着车悄悄的跟踪两人，他脑海里浮现出一幕幕的回忆。陷入疯狂，甚至准备做出更疯狂的事情之时，他在一个偏僻的荒野被绑架了。在华国境内他居然被一群武装分子绑架了，还是装备精良，训练有素，一看就知道是精兵的一群人，装备甚至奢侈到连美军三角洲部队都汗颜。

就这样，楚铭被这群人绑架到了一个庞大的地下研究所。在牢房里，他得知了一个惊人的事实，这里被关押了几百人，而这些人全部都是跟自己有着一定的血缘关系，因为他们都有着一个共同的祖先，而这个神秘组织的目的便是需要通过他们，获得先祖的记忆。这听起来似乎就像是楚铭经常玩的一款游戏，刺客信条。

但是这却比游戏的内容更加残酷，原本上千号的囚犯，他们中有欧洲人，美国人，俄罗斯人，亚洲人，从事着各行各业，但是追究至祖上，却都有一个共同的祖先。囚犯们被迫被放置到一个仪器上，通过基因片段搜索记忆，但很多人却因为基因片段的问题，不是死了，就是变成疯子，植物人。

真相往往更让人震惊，楚铭在试验中，居然通过完整的基因记忆，看完了那位先祖的一生。楚铭的先祖，居然跟自己一样是一个穿越者，从另一个世界的21世纪穿越到了文艺复兴时期。穿越到了欧洲的他，遇到了一个传奇人物，艾吉奥?奥迪托雷，一名传奇的刺客大师。本来此人在先祖的时空只是一个存在于游戏的角色，但是在这里却是真实存在的。这位先祖成为了一名刺客，并且学会了一个名为鹰眼的技能。通过一种第六感，感知周围环境的一种神奇技能。然后通过磨练刺客技能，最终加入了兄弟会，成为了一名刺客大师。

本来这位先祖已经在欧洲娶妻生子，准备过完一生，然而这个时候，他接触到了上古文明，他们称之为先行者的讯息。

简直就跟游戏如同一折，然而事情却更加离奇。先行者们是一个掌握了自由穿越时间与空间的种族。掌握了各个空间知识和文明的他们，掌握了世间力量的巅峰，在无数位面都留有他们的印记，但是却神秘的在一夜之间消失了。

整个文明都被摧毁。然而先祖却发现了一个遗留的时之门的讯息。面对这足以让任何人狂热的神器。他跟随导师艾吉奥?奥迪托雷一同寻找另一个时期的伟大刺客导师，阿泰尔的图书馆。

从图书馆，他得知了时之门的存在，当然，刺客的大敌，一个名为全知圣殿的教团，也在寻找着时之门。为了对抗圣殿，探索真理，这位先祖建立了一个名为探索者的组织。在兄弟会的帮助下，最终夺取了时空之门。

之后跟随着艾吉奥大师，率领部分兄弟会，探索者组织的成员一同穿越到了另一个世界，这之后的记忆，楚铭便失去了记忆同步，直到几个月后，这位先祖一个人带着重伤回到了这个世界。但兄弟会的其他人都没有了踪迹，唯一剩下的只有一个密匙。

他对进入时空之门的事情写下了一本日记，然后带着穿越者的恶趣味，建立起了一个地下藏宝库，带着时之门和密匙进入其中，等待死亡。留下了一批忠心于自己的探索者成员守护密藏，将一把可以开启藏宝库的钥匙交给了自己的后代之后便死在了宝库之中。

根据同步得到的残缺不全的记忆，最后记忆便是兄弟会和圣殿骑士的对抗，在时之门对面的那个位面，继续着……而先祖带回的密匙据说可以打开那个位面的先行者所留下来的密藏。

刺客跟圣殿骑士，从先祖时期便对抗至今。并在这个时代最终消灭了探索者，并压制了兄弟会。而华国境内因为圣殿骑士的渗透，至今的华国有很多高层都已经成为了圣殿骑士。兄弟会的势力被打压，最终在十几年前的一次著名的大清洗中，消声灭迹，在华国内的势力被全部消灭。而在这一场隐藏的战争中，圣殿骑士得到了那一本记录了一切的日志。